Appena quarantenne, Gilberto Santini è dall'anno accademico 2002/2003 docente di Storia del Teatro e dello Spettacolo presso l'Università degli Studi di Urbino "Carlo Bo", ateneo in cui ha conseguito la sua laurea in Lettere Moderne (con una tesi in Letteratura Teatrale Italiana) e per cui ha curato il coordinamento didattico del Master in "Cultura e Gestione dello Spettacolo dal vivo"; ha seguito corsi di specializzazione in materia di organizzazione teatrale alla Scuola di Direzione Aziendale dell'Università "Luigi Bocconi" di Milano.

Ha dedicato varie pubblicazioni al teatro, privilegiando la scena contemporanea (come testimonia Lo spettatore appassionato. Appunti dal teatro del presente) e l'opera di Giovanni Testori (dal volume Giovanni Testori nel ventre del teatro alla cura degli scritti di Carlo Bo sull'autore, Testori. L'urlo, la bestemmia, il canto dell'amore umile, per l'editore Longanesi). È in fase di ultimazione il volume Molière, Opere scelte. Saggi e traduzioni di Cesare Garboli, a cura di Carlo Cecchi e Gilberto Santini, per la collana "I Millenni" dell'editore Einaudi.

Dal 2006 è Direttore dell'Associazione Marchigiana Attività Teatrali (A.M.A.T.), ente di cui è stato consulente artistico dalla metà degli anni '90 e per il quale - insieme al Teatro Sanzio di Urbino e ai Teatri di Civitanova Marche, realtà per le quali da altrettanto tempo predispone i progetti artistici - ha curato innumerevoli progetti per il territorio marchigiano (stagioni teatrali, rassegne e festival). Ha affiancato numerosi artisti di primo piano nella scena italiana (da Carlo Cecchi a Emma Dante, dai Motus a Luca Ronconi, solo per citare i principali) nell'ideazione e nel coordinamento di progetti artistici. Di particolare interesse il lavoro sulla danza (è membro dell'International Dance Council dell'Unesco), dalla direzione artistica (dal 2002) del festival internazionale "Civitanova Danza" ai progetti diffusi nel territorio regionale (sotto il nome di "Danzando per le Marche").

La conferma di Santini è stata l'occasione per valutare il triennio di lavoro dell'AMAT che ha visto un'attenta e oculata gestione amministrativa (gli esercizi finanziari degli ultimi tre anni si sono chiusi senza registrare alcuna perdita).

Il triennio appena trascorso è stato anche caratterizzato dal consolidamento del rapporto con gli enti soci a partire dai comuni e dalle province confermando in tal senso il ruolo dell'AMAT quale "strumento unitario degli enti locali che considerano le attività teatrali un bene culturale di rilevante interesse sociale e ne promuovono lo sviluppo e la diffusione nell'ambito della programmazione statale, regionale e locale, dei programmi dell'Unione europea e nel rispetto delle singole autonomie locali".

Dal 2006 intensa è stata anche l'attività di collaborazione con la Regione Marche per la quale è stato svolto il lavoro di coordinamento per Palcoscenico Marche che ha visto coinvolte numerose città e istituzioni culturali della regione Marche.

Conferma sul buon operato dell'ente è venuto anche dal Ministero per i Beni e le Attività Culturali che ha ribadito il proprio sostegno all'AMAT in un'ottica di rafforzamento. L'AMAT inoltre ha dimostrato la sua versatilità gestendo una rete sempre più articolata di attività come dimostra ad esempio il ruolo di soggetto organizzatore del progetto europeo River - che unisce l'Italia alla Romania, Finlandia e Polonia - conferitogli dall'Assessorato alla Cultura della Provincia di Ancona.